[WCG] Topic FightAIDS@Home

UNAIDS, le programme commun des Nations Unies sur le SIDA, a estimé qu’en 2004 plus de 40 millions de personnes dans le monde vivent avec VIH, le virus humain d'immunodéficience .Le virus a affecté la vie des hommes, des femmes et des enfants partout dans le monde. Actuellement, il n'y a aucun traitement en vue, seulement des traitement avec une variété de drogues.

Le laboratoire du Professeur Arthur J. Olson à l'Institut de recherches Scripps (TSRI) étudie, grâce à l'informatique, les façons de concevoir des nouvelles drogues (médicaments) anti-VIH basées sur la structure moléculaire. Il a été démontré à plusieurs reprises que la fonction d'une molécule (une substance composée d'atomes) est rapprochée de sa forme tridimensionnelle. La cible d'Olson est le VIH protéase, une clée moléculaire du virus qui, lorsqu'elle se bloque, le virus s'arrête de grandir. Cette clée moléculaire, connue sous le nom de "inhibiteurs de protéase", esti une manière d'éviter le début du SIDA et de prolonger la vie. Le laboratoire d'Olson emploie des méthodes informatiques pour identifier les nouvelles drogues (médicaments), des candidats qui ont la bonne forme du virus et les caractéristiques chimiques pour bloquer la protéase du VIH. Cette approche générale s'appelle "la conception Structurelle-Basée de drogue(médicament)", et selon les instituts nationaux, notamment l'institut national de la santé des sciences médicales générales, cette approche a déjà eu un effet pour la vie des personnes vivant avec le SIDA.

Bien plus provocant, VIH est "sloppy copier" (un copieur mouillé), ainsi il évolue constamment en nouvelles variantes, dont certaines sont résistantes aux drogues courantes. Il est donc essentiel que les scientifiques continuent leur recherche pour que les nouvelles et meilleures drogues combattent cette cible changeante.

Les scientifiques peuvent déterminer par expérience les formes d'une protéine et d'une drogue séparément, mais pas encore les deux ensemble. Si les scientifiques savaient comment adapter une molécule de drogue à l'intérieur de l'emplacement actif de sa protéine de cible, les chimistes pourraient voir comment concevoir de meilleures drogues qui seraient plus efficaces que celles existantes.

World Community Grid / FightAIDS@Home exécute un logiciel appelé AutoDock développé dans le laboratoire de prof. Olson's. AutoDock est une suite des outils qui prévoient comment les petites molécules, telles que des candidats de drogues (médicaments), pourraient lier ou "s'accoupler" à un récepteur de la structure 3D connue. La toute première version d'AutoDock a été écrite dans le laboratoire d'Olson en 1990 par le Dr. David S. Goodsell. Depuis de nouvelle version a vu le jour grâce au Dr. Garrett M. Morris, qui a ajouté de nouveaux arrangements et stratégies scientifiques à AutoDock ; moteur informatique plus robuste, plus rapide. AutoDock est utilisé par World Community Grid pour un grand nombre d'utilisateurs et donc un grand nombre de petites molécules différentes pour la protéase VIH. Ainsi on trouve plus rapidement de meilleures molécules avec cette technique informatique. Ces molécules sont ensuite choisies et examinées dans le laboratoire pour obtenir la meilleure efficacité contre le virus, le VIH.

Plus d'infos :
Site du WCG
Site officiel du projet

FightAIDS@Home : amélioration de l'application Autodock

Comme annoncé depuis le début de la semaine sur le forum du WCG, l'équipe en charge du projet FightAIDS@Home va mettre à jour l'application Autodock qui est utilisée pour le calcul des unités de ce projet. Le nouveau code utilisera des algorithmes plus efficaces qui permettront un calcul plus rapide, des résultats plus précis, et une modélisation plus flexible des molécules ciblées. Ces améliorations vont aussi permettre l'utilisation de ce code pour d'autres recherches, notamment pour un projet qui sera lancé très prochainement : Recherche sur la dengue.

L'introduction de la nouvelle application se fera lorsque les calculs des séries d'unités utilisant l'ancien code seront terminés. Le format des données utilisé pour le nouveau code est légèrement différent, ainsi les anciennes unités doivent être calculées en totalité avant de commencer le calcul des nouvelles unités de travail. Il y aura donc une courte période durant laquelle aucune unité FightAIDS@Home ne sera envoyée, le temps pour les techniciens du WCG de convertir le nouveau code et les nouvelles données. Si vous avez spécifié dans vos préférences que vous ne vouliez calculer que sur le projet FightAIDS@Home, alors vous devriez ne plus recevoir d'unité pendant quelque temps. Cette période ne devrait pas durer très longtemps, peut-être même que quelques heures. Cette période sans unité pourrait se produire à des heures différentes que vous soyez sur l'agent WCG ou BOINC (normalement entre le 6 et le 15 août 2007. En tant que calculeur bénévole vous n'avez aucune mise à jours à effectuer, la nouvelle application sera téléchargée automatiquement par votre BoincManager.

Il est important de noter que les unités FA@H distribuées depuis dimanche dernier ont un délai de retour de 2 jours qui passera à 9 une fois la nouvelle application mise en place. Un autre changement concernera le nombre de réplication des unités qui avec la nouvelle application passera de deux à une seule réplication. Par exemple une unité est envoyée à 2 personnes, il n'y aura que si les 2 résultats divergent que l'unité sera envoyée à une troisième personne. Cette baisse du nombre de réplication des unités permettra d'augmenter de 50% le nombre d'unités calculées par le projet.

Source :
L'Alliance Francophone


La page du projet vient d'être mise à jour et permet de connaitre les étapes terminées et celles qui vont être mises en route (http://fightaidsathome.scripps.edu).

L'Alliance Francophone a écrit:Depuis son lancement sur la grille World Community Grid (WCG) en novembre 2005, le projet FightAids@home a calculé l'équivalent de 668 siècles de calcul sur un processeur moyen. Le programme devrait continuer jusqu'en décembre 2008. Ensuite, la commission consultative de la World Community Grid décidera de renouveler ou non le droit de FightAids à utiliser la grille. Il prendra notamment en compte les résultats de la recherche et sa pertinence par rapport à de nouveaux projets qui frappent déjà à la porte pour avoir accès à la formidable puissance de calcul de WCG.

Voici le détail des dernières expériences menées sur FightAids@home :

Expérience 15 : Utilisation de la méthode "Relaxed Complex", analyse de structures issues de la base de donnée Diversity Set de l'institut du cancer nationale américain (NCI) par rapport à un instantané de la dynamique moléculaire de l'exo site d'un VIH de type sauvage : 1D4S. (explication : les chercheurs ont pris un cliché de 1D4S qui est en mouvement et l'ont figé sous une forme 3D)

Expérience 14 (1%) : Utilisation de la méthode "Relaxed Complex", analyse des structures issues de la base de donnée Diversity Set du NCI par rapport à un instantané de la dynamique moléculaire de l'exo site d'un VIH de type sauvage : 1KZK.

Expérience 13 (50%) : Utilisation de la méthode "Relaxed Complex" pour 9 "faux négatifs" (test qui indique qu'une personne n'est pas infectée alors qu'elle l'est vraiment) obtenus après l'analyse des structures issues de la base de donnée Diversity Set du NCI.

Expérience 12 : amarrage croisé de la protéase du VIH.

Expérience 11 (100%) : Analyses de structures issues de la base de donnée Diversity Set du NCI (1900 structures) par rapport à 500 conformations obtenus durant les 5 premières nanosecondes de dynamique moléculaire sur la protéase de type sauvage du VIH.

Peut être une future idée de RAID quand celui sur DDDT sera terminé ;)

Ou encore sur les retours du Genome Comparison, à 45 minutes/unité xD

Phoenyx a écrit:Ou encore sur les retours du Genome Comparison, à 45 minutes/unité xD

Très intéressant pour un futur raid!!! Et pou un challenge

Phoenyx a écrit:Ou encore sur les retours du Genome Comparison, à 45 minutes/unité xD

?? Je croyais que ce projet était fini ?? On m'aurait menti :suspect:
Et Phoen' pense aux mecs comme moi qui en ont une petite ( config hein on est d'accord....) et rajoute un x2 pour la durée des WU

Mais prends une PS3 alors!!! Et recompile les sources et les binaires de Boinc pour le CELL....


Comme ça tu auras une "config" de la muerte

Ou alors, prends toi un nouvel ordi pour les fêtes de fin d'année. Alors, voilà, je te donne des idées cadeaux, je suis vraiment trop gentil.
Tu penseras à me remercier en me filant une PSP avec firmware 1.5....

Loe a écrit:Tu penseras à me remercier en me filant une PSP avec firmware 1.5....

Je crois que j'en ai une en plus
Pour la PS3 c'est pas con mais il me manque 398€ pour la version 40Go

feb a écrit:

Loe a écrit:Tu penseras à me remercier en me filant une PSP avec firmware 1.5....

Je crois que j'en ai une en plus
Pour la PS3 c'est pas con mais il me manque 398€ pour la version 40Go

Moins les 20 à 30% que peut avoir ma marmotte sur le matos SCEE^^



Donc moi je dis que dès que Soulcalibur pointe le bout de son nez, je cours m'acheter la machine et je mets dessus le projet Folding@home.

20 à 30% argh j'en veux une.
+1 avec Soul Caluibur quand je vois comment tourne le III sur ma PS2 aie aie sur la PS3

Perso si FF VII pointe un jour son nez, là, je réfléchirai à une PS3... xDDDD

Aussi, je pense qu'un raid juste après DDDT ne serait pas super bon. Raid après raid, euh...
Laissons les membres choisir ce qu'ils veulent après un ptit moment avant d'en reproposer un xD
Si ça vous gène pas :x

Et si le Genome Comparison (qui était plus rapide que le DDDT encore) réapparait, on pourra ptet proposer aux membres un raid là dessus, non? ;)

Plus il y a d'unités de faites, plus la phase est bouclée.

Sachant aussi que FightAids est là depuis 2005, qu'il y a 78 000 WU renvoyées chaque jour et qu'il y a encore une floppée de phases...

Puis, avis personnel, je reste septique, concernant ce projet, tout comme SETI. Alors que SETI j'en vois pas l'interêt (osef des extra terrestres, pour le moment y a des maladies à vaincre quoi), le SIDA, j'me pose des questions moi, sur le vaccin... Vu que le virus a été lancé il y a longtemps par """erreur""", j'me demande si ces chercheurs ont pas gardé par """innatention""" le vaccin... ~~ Avis personnel sans arguementation xD

Phoenyx a écrit:Perso si FF VII pointe un jour son nez, là, je réfléchirai à une PS3... xDDDD

Tu peux l'avoir à 3€ sur PS1 le VII tu voulais sans doute parler du XII

Aussi, je pense qu'un raid juste après DDDT ne serait pas super bon. Raid après raid, euh...
Laissons les membres choisir ce qu'ils veulent après un ptit moment avant d'en reproposer un xD
Si ça vous gène pas :x

Oui t'as raison même si on ne force personne à nous suivre sur le RAID DDDT

Et si le Genome Comparison (qui était plus rapide que le DDDT encore) réapparait, on pourra ptet proposer aux membres un raid là dessus, non?

Pas sur qu'il réaparaisse vu qu'il est fini m'enfin on ne sait jamais....

Sachant aussi que FightAids est là depuis 2005, qu'il y a 78 000 WU renvoyées chaque jour et qu'il y a encore une floppée de phases...

Perso après le DDDT je me remets sur FA@H à fond les ballons :cheers:

Puis, avis personnel, je reste septique, concernant ce projet, tout comme SETI. Alors que SETI j'en vois pas l'interêt (osef des extra terrestres, pour le moment y a des maladies à vaincre quoi), le SIDA, j'me pose des questions moi, sur le vaccin... Vu que le virus a été lancé il y a longtemps par """erreur""", j'me demande si ces chercheurs ont pas gardé par """innatention""" le vaccin... ~~ Avis personnel sans arguementation xD

Je ne te suis pas là dessus et je préfère ne rien rajouter surtout que pour moi chaque projet a son utilité....

Non je parle du FF VII remake sur PS3, qui ne sortira ptet jamais xD

Si tu arrives à avoir un FF7 neuf à 3 euros sur psx, prend m'en 20 s'il te plait, j'te rembourse après les vacances *w*

Pour GC, il est appremment prévu qu'une seconde phase montre le bout de son nez en 2008 ;)


Pour l'utilité, oui, je suis d'accord, mais je trouve que certains ont plus d'utilité que d'autres :p
Je classe XtrembLab tout à la fin xDDDD
et quant à FightAids, j'me méfie... ~~ Paranoiaaaaa xD

Pour le FF7 sur PS1 c'est con je l'avais il y a de cela bien longtemps quand j'étais encore en 1ère à Claveille c'est pour dire comme tu ne devais pas être bien grand
Tant mieux que GC reprenne avec une phase 2 c'est un super projet.
Pour l'utilité des preojets c'est vrai qu'XtremLab mérite une méga baffe et pour FA@H comme dirait Evelyne Thomas "C'est ton choix"

Phoenyx a écrit:Puis, avis personnel, je reste septique, concernant ce projet, tout comme SETI. Alors que SETI j'en vois pas l'interêt (osef des extra terrestres, pour le moment y a des maladies à vaincre quoi)

Hum... Personnellement c'est parce que j'ai entendu un jour que SETI distribuait des WU via un un logiciel nommé "BOINC" (quel drole de nom tout de même...) et que j'ai découvert une multitude d'autres projets, des plus "extravagants" aux plus fondamentaux (Climate Prediction, Rosetta, et plus récemment le WCG.) Sans Seti@home, je ne pense pas que j'aurais connu les autres projets existants.

Le docteur Alex Perryman (FightAids@home) donne quelques informations sur les unités en cours de calcul sur le projet :

Les unités avec un nom compris entre faah2785 et faah2947 correspondent à l'expérience 14, alors que celles comprises entre faah3082 et faah3144 font partie de l'expérience 16. Les expériences 16 et 17 ont été introduites avant la fin de l'expérience 14. La raison : les collaborateurs scientifiques du projet ont besoin des résultats des expériences 16 et 17 au plus vite, ces unités ont donc une priorité plus importante. Ainsi, en ce moment, vous calculez un assortiment d'unités des expériences 14, 16 et 17 . Une fois que les expériences 16 et 17 seront terminées, l'expérience 14 pourra à son tour s'achever. Puis nous reprendrons le calcul des unités de l'expérience 15. Les priorités des différentes expériences pourront être modifiées par les membres de l'équipe de techniciens d'IBM ou les scientifiques de Fighaids@home, tout dépendra de la proportion de gens calculant sur BOINC par rapport à ceux qui calculent encore avec l'ancien logiciel (l'UD Agent).
Tous les travaux sont soigneusement numérotés, donc le fait de calculer plusieurs expériences en parallèle ne pose aucun problème, et il est facile de garder la trace d'un docking moléculaire particulier appartenant à telle ou telle expérience.
L'expérience 16 est déjà calculée à 21%, l'expérience 14 à 53%

Détail des expériences :

Expérience 17 : Utilisation de la méthode "Relaxed Complex" pour comparer plusieurs composés, leurs fragments et plusieurs dérivés avec un instantané de la dynamique moléculaire de l'exo site d'un VIH mutant (1D4S) avec une double mutation V82F/I84V (explication : les chercheurs ont pris un cliché de 1D4S qui est en mouvement et l'ont figé sous une forme 3D)

Expérience 16 (21%) : Utilisation de la méthode "Relaxed Complex" pour comparer plusieurs composés, leurs fragments et plusieurs dérivés avec un instantané de la dynamique moléculaire de l'exo site d'un VIH de type sauvage : 1KZK

Expérience 15 : Utilisation de la méthode "Relaxed Complex", analyse de structures issues de la base de donnée Diversity Set de l'institut du cancer nationale américain (NCI) par rapport à un instantané de la dynamique moléculaire de l'exo site d'un VIH de type sauvage : 1D4S.
Expérience 14 (53%) : Utilisation de la méthode "Relaxed Complex", analyse des structures issues de la base de donnée Diversity Set du NCI par rapport à un instantané de la dynamique moléculaire de l'exo site d'un VIH de type sauvage : 1KZK.

Source : L'Alliance Francophone