[WCG] Topic Genome Comparison [FINI]

Au fil des ans, les scientifiques ont comparé les séquences génétiques de différentes organismes afin de déterminer d'éventuelles similarités. Les séquences génétiques présentant des similarités peuvent en effet avoir également des similarités fonctionnelles. Ainsi, un chercheur étudiant une séquence génétique dont la fonction est inconnue peut obtenir des indices importants sur le rôle qu'elle joue dans un organisme en la comparant à une séquence génétique similaire ayant une fonction connue dans un autre organisme.

Au fur et à mesure que les chercheurs découvrent de nouvelles informations, ils les entrent dans l'une des bases de données dédiées aux séquences génétiques. Au fil du temps, un volume assez considérable d'informations secondaires (structurelles, fonctionnelles, similarités avec d'autres entrées, références croisées diverses) se sont rajoutées aux entrées de la base de données des protéines. Une fois saisies, ces informations sont rarement mises à jour ou corrigées. Ainsi, il peut arriver qu'une annotation d'une fonction présumée d'une protéine soit incomplète, ou utilise une nomenclature non standardisée. Elle peut même être incorrecte si elle est dérivée de séquences plus anciennes incorrectement annotées. Par ailleurs, de nombreuses protéines se composent de plusieurs domaines structurels et/ou fonctionnels (c'est-à-dire de modules comprenant des unités évolutionnaires, fonctionnelles et structurelles distinctes) qui risquent d'être omis par les procédures d'annotation automatiques.

L'objectif principal du projet de Comparaison du génome est de réaliser pour la première fois une comparaison complète paire par paire entre toutes les
prédictions de séquences génétiques, et d'obtenir des indices de similarité qui seront utilisés, au moyen du projet standardisé GeneOntology (GO/Ontologie de gène) (www.geneontology.org/), comme référentiel de référence destiné à la communauté des annoteurs, et qui constituera une ressource d'une valeur inestimable pour les biologistes. Le programme de similarité des séquences utilisé dans le projet de Comparaison du génome est SSEARCH (W.R. Pearson [1991] Genomics 11:635-650), une version gratuite de l'algorithme rigoureux de Smith-Waterman (T. F. Smith and M. S. Waterman [1981] J. Mol. Biol.
147:195-197), qui permet de trouver l'alignement local mathématiquement optimal entre des paires de séquences. Lorsque des chercheurs séquencent de nouveaux génomes d'autres organismes, ils pourront les ajouter à cette base de données et calculer les comparaisons, fournissant ainsi des informations neuves à la communauté scientifique.

Il sera ainsi possible d'effectuer des annotations exactes, de corriger les incohérences, et d'attribuer des fonctions éventuelles à des protéines hypothétiques de fonction inconnue. Par ailleurs, les protéines ayant de multiples domaines et éléments fonctionnels seront correctement détectées. Il sera même possible de déceler les relations lointaines. Cela permettra d'améliorer la qualité et l'interprétation des données biologiques et notre compréhension des systèmes biologiques, des interactions hôte-pathogène et des interactions environnementales.

Plus d'infos :
Site du WCG
Site officiel du projet

Sources :
Site du WCG
Site de L'Alliance Francophone

Fin du projet Genome Comparison

Le WCG vient d'annoncer un total de 100000 années de temps d'exécution et la fin du projet Fiocruz Genome Comparison (FGC).

Les dernières unités de travail ont été envoyées et le projet sera terminé dès le retour des résultats. Débuté le 16 novembre 2006, ce projet qui aura fonctionné durant tout juste plus de 8 mois a permis de générer 3800 années de calcul grâce aux calculs de 280000 ordinateurs pour 146000 membres. Ces résultats permettront aux scientifiques de mieux comprendre les gènes humains, leur rôle dans certaines maladies d'améliorer les connaissances sur la façon de concevoir des médicaments pour combattre les maladies humaines.

Le site du projet Genome Comparison (Fiocruz Institute : http://www.dbbm.fiocruz.br/GenomeComparison) sera mis à jour régulièrement avec la présentation des différentes avancées tout comme le site du WCG via sa section Recherches : http://www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/viewResearch.do

Le projet WCG se focalise maintenant sur les projets FightAIDS@Home (http://fightaidsathome.scripps.edu/) et Human Proteome Folding - Phase II (http://homepages.nyu.edu/~rb133/Struct-pred.html) et annonce que trois nouveaux projets devraient être lancés à la fin de cet été : une recherche sur les Flavivirus (http://fr.wikipedia.org/wiki/Flavivirus), un projet sud-africain de modélisation climatique, et un projet sur le cancer.

Source :
L'Alliance Francophone