[WCG] Topic Nutritious Rice for the World [FINI]

Page du projet sur le site du WCG : ici

Statut et résultats du projet :
Current project status and findings are reported by the University of Washington's Computational Biology Research Group. To discuss this project, please visit the Nutritious Rice for the World forum.

Mission
The objective of this project is to predict the structure of proteins of major strains of rice. The intent is to help farmers breed better rice strains with higher crop yields, promote greater disease and pest resistance, and utilize a full range of bioavailable nutrients that can benefit people around the world, especially in regions where hunger is a critical concern.

Determining the structure of proteins is an extremely difficult and expensive process. However, it is possible to computationally predict a protein's structure from its corresponding DNA sequence. The Computational Biology Research Group at the University of Washington has developed state of the art software to accomplish this. The difficulty is, there are thousands of distinct proteins found in rice. This presents a computational challenge that a single computer cannot solve within a reasonable timeframe. Therefore, volunteers of World Community Grid are invited to assist in this daunting task. Through collaboration with agricultural researchers and farmers, the hope is to eventually improve global rice yields and quality.

Significance
Hunger and malnutrition are the top risks to health worldwide. Nearly 30 percent of the world's population suffers from some form of malnutrition [1]. Every year, 10 million people die of hunger and hunger-related diseases. In fact, more people die from hunger and malnutrition annually than from AIDS, malaria, and tuberculosis combined [2].

Rice is the main food staple of more than half the world's population. 20 percent of the total food energy intake for every man, woman, and child in the world comes from rice. In Asia alone, more than 2 billion people get up to 70 percent of their daily dietary energy from rice and its by-products [3].

Improving strains of rice to yield larger, more resilient, and nutritionally-optimized harvests will positively impact the lives of billions of people.

Approach
Making better strains of rice has traditionally been accomplished through cross breeding of strains to produce hybrids with the best features. However, this is limited to crossing strains with easily observable traits.

Complex traits (such as high yield, disease resistance, or nutrient content) come from complex biochemical interactions of individual component proteins. Identifying such proteins and understanding their properties and interactions gives farmers the opportunity to affect these traits in a refined manner by choosing more subtle candidates for cross breeding. Predicting the structure of proteins can provide insight into the roles they play in the biochemistry of these traits.

Page de présentation sur le site de l'Alliance Francophone : ici

Selon un rapport de l'ONU publié en mars 2007, la population mondiale pourrait atteindre 9,2 milliards d'individus d'ici à 2050. Face à ce défi qui se pose à l'Humanité, certains groupes de pression tentent de présenter les OGM comme la seule technologie qui permettra de nourrir correctement toute l'humanité. Il existe pourtant une alternative méconnue qui permettrait d'utiliser la bio-informatique pour améliorer les rendements des cultures vivrières tout en gardant le principe de l'hybridation (la technique qui consiste à croiser deux plants et qui existe depuis que l'Homme a inventé l'agriculture, il y a plus de 10.000 ans, quelque part au Proche-Orient). Cette nouvelle technologie appelée l'hybridation intelligente ou sélection assistée par marqueurs (Marker assisted breeding) est souvent présentée comme l'alternative verte aux OGM. "Il s’agit d’améliorer une espèce de plante en lui faisant acquérir par croisement, une ou plusieurs propriétés intéressantes (identifiées par des gènes marqueurs) présentes dans la même espèce. La base de cette technique est simple, un grand nombre de caractéristiques génétiques recherchées par les sélectionneurs en vue d’améliorer des cultures commerciales "dorment" dans le génome de variétés cousines peu ou pas cultivées pour différentes raisons (mauvais rendement, peu de goût,...). Il a été découvert que des "marqueurs génétiques spécifiques" (sortes de petits segments d’ADN naturels) sont localisables à proximité de ces gènes "dormants". L’avantage de ces "marqueurs" c’est que l’on peut facilement les détecter avec des tests génétiques simples sans devoir attendre la culture complète de la plante". (pour plus d'information sur l'hybridation intelligente, voir ici).

Le projet qui a été lancé ce lundi sur World Community Grid utilise cette technique d'hybridation intelligente adapté à l'étude des différentes variétés de riz. Le riz est l'aliment de base pour plus de la moitié de la population mondiale. En Asie, plus de 2 milliards de citoyens tirent 70% de leur apport énergétique journalier de la consommation du riz ou de ses dérivés.
Les marqueurs mis en évidence par le projet seront entièrement libre de droit via la base de donnée Bioverse. Pour commencer plus de 10.000 gènes seront étudiés (avec plus de 100.000 modèles par gène). Avec sa propre infrastructure informatique, il aurait fallu plus de 30 ans à l'équipe de recherche pour calculer ce milliard de modèles. Avec World Community Grid, le délais pour obtenir ces résultats sera raccourci à un an.
Par la suite, ces connaissances pourront également être élargies à d'autres cultures vivrières telles que le blé et le maïs.

J'ai ça aussi... pourtant j'ai focalisé mes préférences sur le challenge en cours

Oui moi aussi ... peut être une WU de test, pour un futur projet peut être.
Faudra aller voir du coté du forum du WCG

Tout pareil.... Il semblerait que ce soit un nouveau projet, et donc coché automatiquement dans les préférences...

exact, coché d'office 8) . Si j'ia bien compris, il sagit de trouver des structures ADN qui permettent d'obtenir des variétés de riz meilleures en terme de culture, mais ausis en terme nutritionnel. Détracteurs des OGM, ce projet ressemble à votre pire cauchemard . Maintenant, il vaut mieux crever de faim ou manger des OGM ? Vaste question


Edit: depuis cet apres midi je reçoit que du "Nutritious Rice for the World 6.12". il y a un prob avec le serveur ?

On va décocher ça fissa alors

Pour ma part :

- présente peu d'intérêt par rapport au autre et j'aime pas trop le principe.
- vu de 8h00, c'est trop et je reste mitigé sur le calcul des points.
- le projet n'est pas mure (il y a eu une béta ?), déjà + 1000 crédits boinc en erreur

donc décoché :wave: .

On va dire qu'on va attendre un peu que le projet se tasse et que les premiers retours de Wu mais surtout d'utilisateurs se fassent pour en savoir un peu plus sur le problème.
Par contre je n'ai pas l'impression que ce soit du calcul pour de l'OGM mais plus pour étudier les protéines présentes dans le riz et chercher quels sont les meilleurs grains en ce qui concerne l'aspect nutritif, le rendement des cultures, etc....

Bon comme je l'ai dit dans le message précédent ce projet n'est pas lié à la culture OGM mais à une technique alternative permettant d'améliorer la culture et le rendement des récoltes de riz : voir mise à jour du message de Pinpinguin en début de topic.

je vois pas en quoi c'est si gênant que ça les ogm tant que c'est fait dans les règles (cultures en serre ou environnement clos très controlé afin d'éviter au maximum de contaminer les espèces locales), après tout le croisement produit bien un organisme avec un génome différent, depuis les lois de mendel et l'avènement de la génétique on crie un peu partout stop aux ogm oubliant que bien des espèces actuelles ont été obtenues par croisement et/ou greffes. On en mange depuis des années voir des siècles et pourtant on s'en porte pas plus mal. Face à l'augmentation des besoins de la planète en matière première je trouve que c'est une meilleure alternative que les méthodes actuellement utilisé pour augmenter le rendement agricole, pesticides engrais and co. Mais bon ce n'est que mon humble avis.
Desty Nova

Le cas de monsanto je le connais et je le trouve scandaleux, aucunes des règles élémentaire n'est respectées, pour eux il n'y a aucun risque de contamination si on observe une zone franche de 10m, leurs plants ne permettent pas de réutiliser les graines ce qui entrainent une dépendance, étant scientifique de formation je déplore ces méthodes, la science et la technologie qui en découle doit faire avancer le monde, quand à faire des ogm en labo j'ai des amis et amies qui en font et personnellement je préfère que ce soit fait en labo que en plein air, les risque de contamination sont bien moindre, tout dépend ensuite de comment sont exploités les résultats c'est aussi pour cela que toutes ces découvertes mérite d'être accessible à qui de droit. Des projets comme celui-ci sont donc important et permettent de contrer ce type d'industrie (Monsanto and co), bien que celui ci utilisent aussi les ogm ou des technologies très proches. Simplement on peut faire des ogm propres ou des ogm pour de l'argent. Les recherches et leur protocoles coutent chers et ont besoin d'argent mais celui ci doit servir la science et non à engraisser les comptes de certaines personnes dans des paradis fiscaux.
Desty Nova.

Ca fait plaisir de pouvoir discuter et apprendre de quelqu'un qui semble s'y connaitre dans ce domaine. Merci Desty pour tes messages ;)

juste un truc, puisque vous êtes plus dans mon domaine de prédilection.

Round'Up n'appartient plus à Monsanto, mais à SCOTT SA.


Sinon, pour revenir à d'autre OGM les fruits, les pommes très précisément vous pouvez regarder les variétés Delbard qui en sont, mais ce sont des OGM issues de croisement sous serre.

Et quelque soit "l'OGM" de labo, de croisement. s'il est réalisé dans les conditions correctes. ils ne peuvent être que bon pour l'humanité.

J'en utilise une partie étant dans le jardinage (plan de Pomme de Terre, graine de potager, etc etc ....), et je peux vous assurer que les 3/4 de ces graines issuent de croisement sont tout sauf néfastes.

Message pour annoncer la fin du programme Nutritious Rice for the World comme l'explique le lien d'info du site WCG.
http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=126
Je clos ce topic de façon définitive (sauf en cas d'une éventuelle phase 2....)